Cette maladie est due à un protozoaire, parasite de la famille des Eimeridés, sous-famille des Eimeria (4 sporocystes avec 2 sporozoïtes chacun). Ces parasites envahissent et
détériorent la paroi intestinale.
Chaque espèce animale est parasitée par plusieurs genres d'Eimeria : chez le pigeon, on trouve eimeria pfefferi ou eimeria labbeana, eimeria columbarum et eimeria columbae.
Les coccidies produisent des ookystes sphériques ou elliptiques, d'une couleur allant de l'incolore au brun-jaunâtre et mesurant un peu moins de 20 µm. Les ookystes (comme des oeufs microscopiques) sont rejetés dans les fientes. Tant qu'ils sont à ce stade, ils ne sont pas dangereux, même s'ils sont absorbés, et ne peuvent provoquer de coccidiose.
Mais si ces ookystes sont exposés à la chaleur et à l'humidité, ils se transforment : l'intérieur de l'ookyste se divise en quatre corpuscules et c'est la "sporulation". La sporulation s'effectue en 48 heures et
l'ookyste sporulé est très résistant : les désinfectants habituels ne lui font aucun effet et il peut vivre plus d'un an dans le sol. Ce sont ces ookystes sporulés qui déclenchent la coccidiose chez le pigeon qui les absorbe. Une seule fiente contient des millions
d'ookystes.
La maladie se développe surtout dans l'intestin, plus rarement dans le gésier et le rectum. Elle est visible 3 à 4 jours après l'absorption d'ookystes sporulés. Il ne peut y avoir de contagion avec d'autres animaux.
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